某三级医院抗菌药物供应目录中有以下抗菌药物：非限制使用级（庆大霉素）、限制使用级（依替米星、阿奇霉素）、特殊使用级（万古霉素）。医疗机构在自查过程中发现有以下临床应用情况：①甲医师将万古霉素用于门诊5次且无正当理由；②依替米星频繁发生严重不良事件；③药品批发企业违规销售阿奇霉素；④万古霉素半年内使用最始终居于前列；⑤甲医师开具万古霉素处方牟取不正当利益。药师在审核处方时对上述情况均有所发现，但是没有进行干预且无正当理由。案例情景中的第②、③、④种情况，医疗机构应该采取的措施是（）